Como seção que é do Apostolado da Oração, fundamentada em seus Estatutos,

o MEJ tem a seguinte estrutura:

Diretor Geral com sede em Roma, delegado do Papa

Diretor Nacional, nomeado pelo Diretor Geral

Diretor Arquidiocesano - Padre Javier Pérez Enciso
  Vice-Diretor Arquidiocesano -
Coordenadora Arquidiocesana - Elaine Guimarães da Silva
  Vice- Coordenador Arquidiocesano
Secretária Arquidiocesana - Márcia Maria Lara G. de Almeida
Vice-Secretária Arquidiocesana - Sandra Mª R. da Silva Correia
Tesoureira Arquidiocesana - Marília Costa
  Vice-Tesoureira Arquidiocesan
  Coordenadora do Vicariato Norte e Leopoldina
Coordenador do Vicariato Suburbano – Leanderson Barbosa Veríssimo

Coordenadora do Vicariato Oeste – Maria Fátima Vieira Pontes Lopes

Coordenadora do Vicariato Jacarepaguá – Maria José Braga de Araújo

Para um grupo do MEJ atingir os objetivos propostos, segundo as orientações do Secretariado Nacional, precisa-se de um mínimo de organização e ter:

Um ou mais dirigentes. De preferência uma pessoa adulta: um sacerdote, um religioso/a, um casal responsável. Gente com carisma, engajada na pastoral da paróquia ou da comunidade. Eventualmente pode ser também um jovem com boa experiência no campo apostólico. Um jovem-adulto, com liderança, amigo, generoso, educador.

Um ou mais monitores. Jovens entusiastas, com equilíbrio e boa conduta, conteúdo doutrinário e facilidade de comunicação.

Fonte: O MEJ e seu ideal, Pe. Pedro Arrupe, SJ e Pe. Javier P. Enciso, SJ – Edições Loyola.